W ramach obchodów 40. rocznicy śmierci bł. ks. Jerzego Popiełuszki abp Marek Jędraszewski przewodniczył w niedzielę 20 października Mszy św. w Morskim Kościele Niepokalanego Serca Maryi w Gdańsku-Nowym Porcie. Przy tej okazji do świątyni wprowadzono relikwie św. Jana Pawła II.
W Mszy św. uczestniczyli m.in. przedstawiciele IPN, NSZZ "Solidarność", posłowie, senatorowie, samorządowcy, przedstawiciele służb mundurowych, członkowie Stowarzyszenia Godność, przedstawiciele Zespołu Szkół Morskich w Gdańsku oraz Liceum Mundurowego Spartakus oraz mieszkańcy Gdańska.
Na początku o. Filemon Janka OFM przypomniał o okazji, która zgromadziła wszystkich w Morskim Kościele, kolebce „Solidarności” – 40. rocznicy śmierci bł. ks. Jerzego Popiełuszki. Powitał zebranych, a wśród nich abp. Marka Jędraszewskiego. Przypomniał, że zarówno ks. Popiełuszko, jak i św. Jan Paweł II, którego relikwie zostały wprowadzone przy tej okazji do świątyni, zajmują w historii Polski wyjątkowe miejsce.
W homilii metropolita krakowski zwrócił uwagę, że czytania dnia mówią o Jezusie w dwóch odsłonach. Pierwsza z nich to zapowiedź tego, co stanie się udziałem Chrystusa w postaci wizji proroka Izajasza, odnoszącej się do cierpiącego sługi Jahwe. Druga odsłona wskazuje na Jezusa-Arcykapłana. Została ona zawarta w liście do Hebrajczyków, do którego nawiązywał św. Jan Paweł II w dniu inauguracji pontyfikatu, gdy wołał: „Nie bójcie się, otwórzcie na oścież drzwi Chrystusowi”.
Abp Marek Jędraszewski przypomniał pielgrzymkę Ojca Świętego do ojczyzny w 1983 r. Podkreślił, że niektóre środowiska obawiały się wówczas, że władze użyją papieża do legitymizacji swej polityki, jednak Jan Paweł II zdawał sobie z tego sprawę. „Pocałunek ojczystej ziemi porównałem do ucałowania rąk matczynych. Niech on będzie również pocałunkiem pokoju dla wszystkich, którzy w jakikolwiek sposób zechcą się znaleźć w tej wielkiej pielgrzymiej wspólnocie papieża Polaka. Pax Vobis! Pokój Tobie, Polsko! Ojczyzno moja! Pokój Tobie!” – cytował słowa świętego z lotniska na Okęciu kaznodzieja. Przywołał również fragment przemówienia Ojca Świętego z kolejnego dnia tej pielgrzymki, ze spotkania w Belwederze, w których Jan Paweł II wskazywał na cel swojej wizyty, mówiąc o trudnym czasie i trudnych nadziejach: „Podobnie jak w czasie moich poprzednich odwiedzin pragnę na końcu stwierdzić, że każde prawdziwe dobro mojej Ojczyzny będę nadal uważał za moje dobro, tak jakbym nadal mieszkał na tej ziemi, a może nawet bardziej jeszcze z racji oddalenia”.
Metropolita krakowski podzielił się także osobistymi wspomnieniami tych wydarzeń, kiedy jako młody kapłan współtworzył komitet organizacyjny pielgrzymki. Jak opowiadał arcybiskup, w pewnym momencie organizator pielgrzymek z ramienia Watykanu o. Roberto Tucci SJ powiedział, że papież życzy sobie zejść do krypty, by pomodlić się przy grobie abp. Antoniego Baraniaka. Gen. Konrad Straszewski zapytał wówczas, kim był abp Antoni Baraniak, młody ksiądz odparł, że był niezłomnym kapłanem, torturowanym w więzieniu na Mokotowie. „Był pewnie tak niewinny jak teraz ten Popiełuszko!” – abp Jędraszewski przywołał odpowiedź twórcy i pierwszego szefem tzw. Grupy D, która zajmowała się dezintegracją Kościoła w Polsce. Dowodzonej przez Straszewskiego grupie przypisuje się zabójstwa księży związanych z opozycją demokratyczną w PRL: Jerzego Popiełuszki, Sylwestra Zycha, Romana Kotlarza, Stefana Niedzielaka, Stanisława Suchowolca, Antoniego Kija, Stanisława Kowalczyka i Stanisława Palimąki. Z tej też grupy zrodził się przed wizytą papieża dokument, który miał organizować pracę SB, by zminimalizować pozytywne skutki pielgrzymki Ojca Świętego. Nazwisko ks. Popiełuszki – jak podkreślił metropolita krakowski – pojawiało się w nim kilkanaście razy, co świadczy, jak bardzo głęboko był rozpracowywany już wówczas przez Służbę Bezpieczeństwa.
Kaznodzieja przypomniał, że ks. Jerzy Popiełuszko był celem wzmożonej inwigilacji już od połowy 1982 r., gdy przejął pieczę nad Mszami za Ojczyznę, a jego postać zaznaczyła się także w tragicznych dniach maja 1983 roku, gdy w kościele św. Stanisława Kostki odprawiono Mszę św. żałobną za duszę Grzegorza Przemyka i odbył się manifestacyjny pogrzeb. „Czuję się coraz bardziej przez nich [funkcjonariuszy SB] zaszczuty, ale dobry Bóg daje mi dużo siły duchowej, a i siły fizycznej też nad podziw wiele, chociaż często noce mam mocno zerwane” – arcybiskup przywołał zanotowane wtedy przez ks. Jerzego słowa.