Wchodząc do podziemi kościoła św. Stanisława Kostki, tuż obok grobu księdza Jerzego, czuje się powagę tego miejsca, ciszę przerywaną jedynie odgłosem kroków innych zwiedzających. Chociaż wchodzących wita lekko uśmiechnięta twarz kapłana, nie ma innej drogi do wnętrza, jak tylko przez podświetlony krzyż.
Droga do Muzeum Księdza Jerzego Popiełuszki wiedzie przez krzyż. Dwadzieścia lat temu, wkrótce po otwarciu ekspozycji, udało mi się uchwycić przechodzącą przez ten krzyż Mariannę Popiełuszko. Ona w jakimś sensie pokonała tę samą drogę, co jej syn. I tak jak Chrystus darowała oprawcom. "Niech im Pan Jezus daruje. Najbardziej bym się cieszyła, żeby się oni nawrócili. Ja już im przebaczyłam" - powiedziała Milenie Kindziuk, autorce wielu publikacji o ks. Jerzym.
Nad krzyżem, który dla każdego chrześcijanina jest przepustką do nieba, umieszczono symboliczny napis - słowa wiersza Cypriana Kamila Norwida: "Krzyż stał się nam bramą". Tędy wchodzi się do pierwszej sali "W cieniu PRL". To symbol rzeczywistości tamtego czasu, który przypomina najważniejsze wydarzenia z lat 1944-1989: prześladowania prymasa Wyszyńskiego i Kościoła, kartki na żywność, ruch Solidarności. Ten symbolizują rozerwana krata więzienna i pierwsze egzemplarze tygodnika "Solidarność", przynoszącego wiadomości o krajowym zjeździe delegatów związku we wrześniu 1981 r.
Zdjęcie przed wejściem do sal muzealnych to jedna z ostatnich fotografii ks. Jerzego. Stoi przed drzwiami do plebanii, ma przerzucony przez ramię szalik. Przy jego nogach łasi się kot. Obok widnieje skrócone kalendarium życia Popiełuszki, choć w chronologii ekspozycji zaczyna się dopiero w drugiej sali. To "Okopy": na ścianach zdjęcia z dzieciństwa księdza Jerzego, z rodzinnego domu. Widać jego świadectwo szkolne, indeks z seminarium. Proste codzienne przedmioty należące do zwykłego chłopaka, który wybrał niezwykłą drogę. Tak proste jak pleciona kołyska, w niej Marianna usypiała małego Alka, którego później świat poznał jako Jerzego. To ks. Zygmunt Malacki, który też pochodził z Podlasia, wyprosił mamę kapłana, by podarowała ją jako element ekspozycji do budowanego przez siebie muzeum. Mariann Popiełuszko dała o wiele więcej. Oprócz zdjęć i pamiątek pozwoliła nawet zdemontować drewniane drzwi z sieni domu w Okopach. Je również ks. Zygmunt Malacki zabrał do muzeum.
- Nie byłoby pewnie tego otwartego 20 lat temu muzeum, gdyby nie mądrość mojego wielkiego poprzednika, księdza Teofila Boguckiego, który od razu po śmierci księdza Jerzego polecił wszystko gromadzić. Gdyby nie jego zapobiegliwość czy może prorocza wręcz pewność, że to jest potrzebne, nie mielibyśmy dzisiaj tej radości, że rocznie możemy gościć w tym muzeum wiele tysięcy osób. Do tej pory przez sanktuarium przewinęło się kilkanaście milionów ludzi, a większość z nich także była w muzeum - mówi ks. Marcin Brzeziński, aktualny proboszcz.
W latach 1998-2010 proboszczem parafii św. Stanisława Kostki był ks. Malacki. To on wraz z zespołem współpracowników stworzył multimedialne muzeum księdza Jerzego Popiełuszki, a także przyczynił się do zakończenia jego procesu beatyfikacyjnego. Zmarł w roku 2010, dwa miesiące po tym, jak abp Angelo Amato, prefekt Kongregacji ds. Kanonizacyjnych w imieniu papieża Benedykta XVI odczytał akt beatyfikacyjny na pl. Piłsudskiego. Jeszcze jako Joseph Ratzinger, 25 maja 2002 roku przyszły papież nawiedził grób ks. Popiełuszki. Najpierw długo się przy nim modlił, a później bardzo dokładnie zwiedził muzeum, zatrzymując się niemal przy każdym eksponacie.
Pierwsza ekspozycja o ks. Popiełuszce powstała niedługo po jego męczeńskiej śmierci. W salach dolnego kościoła założył ją ówczesny proboszcz ksiądz prałat Teofil Bogucki. Znajdowały się tam pamiątki, których wiele pozostało na terenie parafii. Zajmowała się nimi i robi to do dziś Katarzyna Soborak. Do grobu męczennika pielgrzymowało jednak coraz więcej osób, już nie setki i tysiące, ale miliony.
Wejście do muzeum usytuowane jest obok grobu otoczonego przez 58 kamieni ułożonych w kontur Polski. Od chwili gdy w 2004 r. muzeum otrzymało nowoczesną, multimedialną formę, w dziewięciu salach muzealnych znalazło się kilka tysięcy eksponatów, w tym przedmioty osobiste księdza Jerzego, a także związane z jego męczeńską śmiercią, zdjęcia, prezentacje filmowe i dźwiękowe.
Centrum muzeum stanowi sala "Dar kapłaństwa", która upamiętnia posługę błogosławionego kapłana - od pierwszych parafii aż po słynne Msze za Ojczyznę. W centrum stoi ołtarz z kielichem i pateną. To także sala poświęcona pamięci ks. Teofila Boguckiego, ówczesnego proboszcza na Żoliborzu. Tu można poczuć atmosferę Mszy św., które gromadziły tysiące wiernych. Słychać fragmenty kazań ks. Jerzego, jego głos pełen miłości i nadziei, ale też odwagi w obliczu zła. Fragmenty Różańca szeptane przez niego... Ks. Popiełuszko zamieścił na obrazku prymicyjnym słowa: "Posyła mnie Bóg, abym głosił Ewangelię i leczył zbolałe serca". Im dalej w głąb muzeum, tym korytarz staje się ciaśniejszy. Na ceglanym murze, wśród mnóstwa krzyżyków, wydrapane nazwiska ofiar komunistycznych oprawców. - Krzyż, który stał się bramą, i różaniec z capek żołnierskich to pomysły Grzegorza Pfeiffera. Cała koncepcja to jednak efekt namysłu całej grupy: Ewa Zając, Małgorzaty Grabowskiej i oczywiście ks. Zygmunta Malackiego, który chciał, by wchodzących do muzeum witała ze zdjęcia postać ks. Jerzego - mówi Jacek Kwiatkowski, jeden z autorów ekspozycji.
- Mój pomysł aranżacji polegał na tym, by te zwężające się korytarze symbolizowały spiralę złą zacieśniającą się wokół księdza. Pomieszczenia w muzeum prowadzą do sali śmierci w formie takiego labiryntu, który wiedzie do punktu kulminacyjnego. Sama sala śmierci miała być jednak nie tylko unaocznieniem chwili męczeństwa, ale obrazem przejścia ze śmierci do życia, po to, by wywołać tą nadzieję przemiany w naszych sercach - dodaje.
Dramat śmierci ma swój prolog już wcześniej: w kolejnej sali widzimy zdjęcia z protestów robotniczych, z czasów stanu wojennego. Są dokumenty SB, akta sprawy o porwanie. Czuć grozę tamtych czasów, atmosferę prześladowań i strachu. W sali męczeństwa jest ciemno. Czerwone światło podświetla gablotę z osobistymi rzeczami znalezionymi przy kapłanie po śmierci: obok koszuli, butów, sutanny są worek, który zarzucono mu na głowę, pałki, którymi go bito, i kamienie, które przywiązano mu do nóg. W tle słychać plusk wody. W jej nurtach rozświetlony krzyż... Na ścianie widać zdjęcia zmasakrowanego ciała.
Zanim wyjdziemy przez bramę z napisem "Zło dobrem zwyciężaj",
zobaczymy jeszcze utrwalony czas po śmierci ks. Jerzego: zdjęcia z sali sądowej
i procesu zabójców, wycinki z gazet, relację z pogrzebu, a także setki szarf,
transparentów i różańców, które wierni przynosili do kościoła św. Stanisława
Kostki. Jest zdjęcie rodziców żegnających swojego syna. Słychać potężny głos
dzwonów. Są krzyże, w tym wykonany z ruin wieżowca World Trade Center. Są też
świadectwa ludzi, którzy znali ks. Jerzego lub modlili się za jego
wstawiennictwem, wierząc w jego świętość i orędownictwo. Są wspomnienia, listy,
fotografie i chrzcielnica - symbol nowego życia i powołania do świętości, które
każdy otrzymuje na chrzcie.