6. Pierwsze lata seminaryjne
Wstępując do seminarium duchownego złożył Alek Popiełuszko podanie następującej treści: „Uprzejmie proszę o przyjęcie mnie do Seminarium Metropolitalnego w Warszawie. Prośbę swą motywuję tym, że chcę zostać księdzem, ponieważ mam zamiłowanie do tego zawodu”. Podany tekst świadczy o szczerej prostocie pragnienia służenia Bogu. Podanie rozpatrzono pozytywnie i od września 1965 r. został klerykiem pierwszego kursu filozofii. Unormowany, regularny tryb życia i zajęć: modlitwy i studiów wprowadzał Alka w nowe doświadczenie wiary i Kościoła. Początki nie były dla niego łatwe. Był chłopakiem z natury nieśmiałym. Zdawał sobie sprawę z różnicy, jak dzieli go od kolegów pochodzących z Warszawy i okolic. Nierzadko doskwierała jego wrażliwej duszy konieczność nadrobienia pewnych braków wiedzy, wynikających z różnicy poziomów nauczania w szkołach średnich. Ponadto, w początkowym okresie, przy różnych okazjach, dawała znać o sobie nieznajomość wielkomiejskiej mentalności i zwyczajów. Pomimo to, nie zniechęcał się, a wręcz przeciwnie - stopniowo rozwijał się duchowo i intelektualnie. W tym pierwszym i niełatwym okresie nawiązał szczerą i otwartą więź z ojcem duchownym ks. Czesławem Miętkiem.
Pierwszy rok studiów przebiegał w atmosferze bezpośrednich przygotowań w Kościele do obchodów 1000-lecia Chrztu Polski. Silnie zapadła ona w duszy chłopaka z Okopów. Głęboko zapadły w jego serce i pamięć główne uroczystości przeżywane 3 maja 1966 roku na Wałach Jasnogórskich: Msza św. celebrowana przez krakowskiego Biskupa Karola Wojtyłę, płomienne kazanie Prymasa Tysiąclecia oraz kulminacja zawierzenia Matce Najświętszej naszego narodu za wolność Kościoła w Polsce i w świecie. Natomiast odmowa udzielenia przez władze PRL pozwolenia na przyjazd do Polski Soborowego Papieża Pawła VI robiła jak najgorsze wrażenie. Napięcia na linii Episkopat Polski - władza komunistyczna były dla Alka naoczne i dotkliwie je odczuwał. Na szczęście, tu w Warszawie, mógł z bezpośrednich relacji ukochanego Prymasa Wyszyńskiego, słyszeć o postanowieniach Soboru Watykańskiego II. Znajdował się zatem w żywym nurcie Kościoła. Był z tego dumny. Katedralna liturgia, kazania Księdza Prymasa, utwierdzały Alka w przekonaniu o słuszności wyboru Warszawskiego Seminarium. Ponadto, wspierały go nieustanne modlitwy ukochanej Babci Marianny Gniedziejko oraz modlitwa matki.
Drugi rok studiów rozpoczął się na tle smutnych wydarzeń. Dnia 2 września 1966 r. władze państwowe aresztowały peregrynującą po Polsce kopię cudownego obrazu Matki Bożej Częstochowskiej. W tej atmosferze, na zakończenie seminaryjnych rekolekcji Alek przeżył obłóczyny - po raz pierwszy włożył sutannę. Według relacji kolegów, przeżywał tę chwilę z wypiekami na twarzy. Uroczystość odbyła się 16 października 1966 r. Nikt nie spodziewał się wówczas, że za 12 lat, w tym samym dniu papieżem zostanie wybrany Polak - Jan Paweł II. Odtąd data obłóczyn będzie dla Księdza Jerzego symbolicznym pomostem z „polskim konklawe”. Niestety, niedługo po obłóczynach alumn Popiełuszko otrzymał wezwanie do wojska. Praktyka powoływania kleryków do służby wojskowej była wówczas planową próbą odwiedzenia młodych mężczyzn od powołania kapłańskiego. Łamiąc ustalenia między państwem a Kościołem z 1950 roku, władza świecka postanowiła w ten sposób wziąć odwet za działalność Prymasa Wyszyńskiego. Dnia 25 października 1966 roku wraz z innymi czterema kolegami kleryk Alek Popiełuszko został wcielony do specjalnej jednostki wojskowej w Bartoszycach. Odtąd rozpoczął się dla niego trudny czas nieugiętego świadectwa miłości do Chrystusa, okupionego poważną utratą zdrowia.
Módlmy się za wstawiennictwem Chrystusowej Matki za wszystkimi klerykami i diakonami, przygotowującymi się do kapłaństwa, aby na wzór bł. ks. Jerzego, mężnie dawali świadectwo swej miłości do Chrystusa i Kościoła.