Służba wojskowa - próba sumienia
Życie kleryków w wojsku nie było łatwe. Poddawani konsekwentnej, planowej indoktrynacji marksistowsko-leninowskiej, doświadczali ze strony specjalnie dobranej kadry nieustającej presji psychologicznej i moralnej. Nie obywało się bez fizycznych prześladowań. Wpływ Alka na budzenie wśród skoszarowanych kleryków wierności swemu powołaniu opisał śp. bp Zbigniew Kraszewski: „Księdza Jerzego Popiełuszkę bardzo lubiłem przede wszystkim jako mojego ucznia... Gdy był z innymi klerykami wzięty przymusowo do wojska, stosunkowo często go odwiedzałem w jednostce wojskowej w Bartoszycach. Ks. Popiełuszko był jednym z przywódców duchowych grupy kleryków. Nie pozwolił sobie zdjąć medalika i różańca harcerskiego. Wyznawał swoją wiarę śmiało i za to był maltretowany" (Ks. Antoni Lewek, Ksiądz Jerzy Popiełuszko - symbol ofiar komunizmu, Warszawa 1998, s.8).
W tak zorganizowanej nagonce, Alek doświadczał również dylematów sumienia. W liście z lutego 1967 r. pisał do ks. Czesława Mietka: „Czcigodny Ojcze, Bardzo dziękuję za list i słowa otuchy. Tak, słowa otuchy, bo nieraz miałem pewne wątpliwości, czy rzeczywiście dobrze robię, stawiając czoło, cierpiąc za innych. Czy to nie jest jakaś lekkomyślność. Okazałem się bardzo twardy, nie można mnie złamać groźbą ani torturami. Może to dobrze, że akurat jestem ja, bo może ktoś inny by się załamał, a jeszcze innych wkopał. Jak powiedziałem, różaniec był tylko pretekstem do tego, żeby się ze mną spotkać w formie służbowej, bo normalnie to już byłem na rozmowach. O różańcu wspomniał mi tylko pod koniec rozmowy. A tak cały czas mówił o różnych rzeczach, że jestem narzędziem w ręku innych, tchórzy, którzy sami się boją narażać. Oczywiście zmyślone. Chęć pokłócenia z kolegami. Ale na takich chwytach się znamy. O 22.20 przyszedł polityczny (politruk), kazał mi zdjąć różaniec przy nim. A niby z jakiej racji? Nie zdjąłem, bo przecież nikomu nie przeszkadzał, a nie będę zdejmował dlatego, że ktoś nie może na to patrzyć. Zwolnił mnie o 23.00. (...) Poszedłem na salę do spania. Ale nie zdążyłem się położyć, gdy dowódca drużyny ogłosił alarm mojej drużynie za mnie. Na alarmie zamiast 8-9 min. wybieraliśmy się 18 minut. Potem ustawiliśmy się w dwójki i poszliśmy pod magazynek broni. A więc byliśmy zgrani. Dowódca plutonu rozkazał dowódcy drużyny, aby następnym razem przyprowadził mnie na taką rozmowę z RKM-em na szyi, który waży 15 kg. I rozmowa będzie trwała nie 3 godziny, ale od 4 - 5 godzin z zastosowaniem odpowiednich metod. Mam być poddany pod sąd koleżeński jako buntownik. Ale mam na szczęście dobrych kolegów, którzy w tym sądzie zasiadają. Do Seminarium mają wysłać pismo z moją opinią. Obawiam się, że nie będzie ona zbyt pochlebna i żeby Władza nie była zaskoczona, bo to też będzie tylko eksperyment. Ojciec pyta, kiedy przyjadę na urlop. Hm. Trudne pytanie. Bo jeśli Bóg zechce mnie i w ten sposób doświadczyć, to zgodzą się na to bez wahania. Otóż powiedziano mi na rozmowie, że nie ma siły, żebym kiedykolwiek pojechał na jakikolwiek urlop. Programowy też mi zabiorą. A gdyby nawet mama umarła, to mnie nie puszczą do domu. A dla pewności, żebym nie uciekł, za zgodą dowódcy kompanii zamknie mnie na ten czas do aresztu. Na przepustkę to nigdy nie pójdę. A służba tak mi się będzie dłużyła, jakbym służył nie 2, ale 6 lat" (Zob.: oprać. Gabriel Bartoszewski OFM Cap, Zapiski. Listy i wywiady ks. Jerzego Popiełuszki; 7967-7984, Oficyna Wydawniczo-Poligraficzna „Adam", Warszawa 2009, s. 23 i n.).
Pracująca w tym czasie w bartoszyckiej jednostce bibliotekarka, Władysława Zaczyńska, zapamiętała Alka: „W masce przeciwgazowej, na zimnie i mrozie czołgał się po ziemi na komendę: padnij - powstań! Widziałam też, jak przynosił trociny z tartaku, by potem na kolanach szorować nimi korytarze i czyścić klozety" (Zob.: Milena Kindziuk, Ksiądz Jerzy zwyciężał dobrem, Wydawnictwo S.S. Loretanek, Warszawa 2009, s. 28).
Módlmy się za wstawiennictwem Królowej Męczenników oraz bł. ks. Jerzego za wszystkimi upokarzanymi i cierpiącymi z powodu wiary w Chrystusa, o szczególny dar męstwa dla nich.